Los primeros humanenses empezaron a habitar los terrenos sobre los que se asienta la localidad hace la friolera de unos 5.000 años. Prueba de ello es el dolmen, construcción funeraria típica de la época del Neolítico, que se encontró al excavar el suelo para construir el actual instituto de Educación Secundaria.
En dicho instituto se puede visitar un aula arqueológica que indica cómo era la dura existencia de aquella época. Y después, porque en idéntico paraje también hay constancia del paso de civilizaciones posteriores, desde tribus pre-iberas hasta la dominación romana. De hecho, el yacimiento encontrado en Humanes sacó a la luz fragmentos de cerámica, ídolos protectores y útiles de silex de la Edad del Bronce, y tégulas, tejas planas utilizadas en la cultura latina.
El primer documento que habla de Humanes data del año 1141, y en él Alfonso VII dona la villa a Pedro Brimonis, aludiendo al término que había otorgado ya Alfonso VI durante la repoblación cristiana tras la toma del reino de Toledo. Su sucesor, Pelayo Pérez, fue protagonista de dos momentos importantes de la historia de la villa, pues en 1173 le otorgó la Carta Puebla y sólo tres años después donó la villa de Humanes bajo ciertas condiciones a la Orden de San Juan de Jerusalen o "del Hospital", orden religioso-militar creada en Jerusalen en el siglo XI con la finalidad de atender a los peregrinos cristianos de Tierra Santa y luchar contra los musulmanes.
A pesar de la donación, la Orden no ejerció el señorio sobre la villa, pues ésta fue entregada en 1183 al Conde D. Fernando Núñez de Lara, quien retuvo sus derechos sobre Humanes hasta 1193.
Humanes, al convertirse en patrimonio sanjuanista en el siglo XII, pasó a ser una de las fuentes de ingresos que sufragaban los gastos de la orden.
No se conoce el momento exacto ni los motivos de la salida de Humanes de la Orden de San Juan, pero parece evidente que los cambios que terminaron con la Edad Media para introducir a Europa en una nueva era, acabaron también con instituciones como la sanjuanista tan afín a la mentalidad medieval. Los nuevos poderes en auge no sólo retiraron su respaldo a la Orden sino que comenzaron su lucha por hacerse con los beneficios que esta tenía en Humanes. Esta pugna, entre poderes establecidos y emergentes, debió caracterizar la villa en el siglo XV.
La figura clave en el proceso de transformación fue Pedro López de Ayala "el Tuerto", quien en 1445 recibirá de Juan II el Señorio de Humanes. Los Lopez de Ayala no eran extraños en estas tierras pues, ya en estos años, habían allanado el camino comprando diferentes propiedades en Humanes.
Con la concesión del vasallaje a los Ayala que posteriormente recibirían el título de Condes de Fuensalida, no se reducirá la presión sobre los habitantes de Humanes, pues Pedro López de Ayala gozaba no sólo de privilegios determinantes, como la jurisdicción civil y criminal, la elección de los cargos públicos o el cobro de gran cantidad de tributos, sino que también eran dueños de la mayor parte del territorio, que arrendaban para el cultivo. Un descendiente Pedro López de Ayala fue perdiendo paulatinamente sus posesiones en favor de los habitantes de la villa.
En 1500 pertenece al mayorazgo de la Marquesa de Villa Sierra y en 1620 aparece como parte del patrimonio del Conde de Fuensalida.
En 1833, debido a un reajuste de las provincias españolas, Humanes deja de pertenecer a Toledo y se integra en Madrid.
La población se ha mantenido estable a través de los cuatro siglos de historia, hasta la década de los 70, momento en el que pasa de 1200 habitantes dedicados en su mayoría a la agricultura, al actual crecimiento progresivo.
En el final del siglo XVIII eran tipicos los cultivos de trigo, cebada, centeno, avena, garbanzos, judias, algarrobas, uva, aceitunas y hortalizas.
A principios del siglo pasado todos los días se llevaban productos a Madrid (coliflores, pepinos...) para venderlos en los principales mercados. En ganadería era importante la explotación de bovino, porcino y algunos rebaños de ovejas.
Hoy ha dejado de ser el pequeño pueblo y agrícola que fué para convertirse en un referente en cuanto a crecimiento industrial y demográfico a nivel nacional.
Posee varias de las mayores zonas industriales de la comunidad de Madrid, enclavadas entre la carretera que va hacia Moraleja de Enmedio M-413, y la que va hacia Griñón M-405.
Actualmente ha dejado de ser un pequeño pueblo de carácter agrícola. Dentro del cada vez más pequeño porcentaje (0,4%) que ocupa el sector primario (agricultura y ganadería), se ha transformado aprovechando las excepcionales condiciones naturales de la zona para ofrecer a toda Europa algunos de los productos que destacan a nivel europeo por su calidad: la lechuga y la zanahoria.
Hoy, casi un 45% de la población de Humanes se dedica a la industria, un 20% a la construcción y un 35% al sector servicios.
Al tener Humanes de Madrid una parte importante del sector industrial dentro de la Comunidad de Madrid, da trabajo a gran parte de habitantes de poblaciones cercanas, como por ejemplo Móstoles, Fuenlabrada o Moraleja de Enmedio.